Les différentes distributions sont très similaires et sont compatibles concernant les binaires (pourvu qu'ils correspondent au même type de processeur). Donc, les binaires LINUX compilés sur un système donné fonctionneront sur un autre système LINUX de même architecture matérielle. Ceci contraste singulièrement avec la situation des différents UNIX (par exemple, Sun et IRIX). Des utilitaires permettent de convertir un paquet destiné à une distribution de manière à installer ce dernier sur une autre distribution. Cependant, certaines distributions sont destinées à un matériel spécial; par conséquent, leurs binaires ne fonctionnent que pour ce matériel. Néanmoins, tout logiciel écrit pour LINUX peut être recompilé sans modification pour une autre distribution LINUXet avec des modifications tout-à-fait mineures pour d'autres systèmes UNIX. La règle de base est la suivante: si vous disposez de trois paquets que vous devez faire fonctionner sur trois distributions différentes, il est simple de réaliser des ajustements. Si les paquets à ajuster se comptent pas dizaines, il y a un problème.